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CDマーカーは、様々な細胞を分類するためによく使用される細胞表面タンパク質です。フローサイトメトリーのようなアプリケーションにより、細胞表面タンパク質の発現に基づいて、細胞の表現型の特性評価をすることができます。細胞の種類によって、個々のマーカー単独で、あるいはその他マーカーと組み合わせて、既知の細胞集団を分離することが可能です。