SH3タンパク質ドメイン

mSOS (赤) に結合したSEM-5のC末端SH3ドメイン

ドメイン結合および機能

SH3 (Src-homology 3​) ドメインは、左巻きのポリ-プロリンII型ヘリックスを形成するプロリンに富むペプチド (最小のコンセンサス配列は Pro-X-X-Pro) に結合します。通常、脂肪族の残基がそれぞれのプロリンの前にあり、それぞれの脂肪族-プロリンの組合せがSH3ドメインの疎水性のポケットに結合します。原則として、このリガンドはどちらの方向にも結合することができます。その他のプロリン以外の残基 (多くの場合、アルギニン) がSH3ドメインと接触し、結合コアの一部分を形成することができます。このようなペプチドは、通常、µMレンジのK_d​でSH3ドメインに結合します。この結合の親和性および特異性は、SH3ドメイン上のループを含む三次的な相互作用によって著しく上昇します。

構造の参考文献

1. Lim, W.A. et al. (1994) Nature 372(6504), 375–379.

ドメインタンパク質の例

結合の例