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クロマチン免疫沈降テクニカルサポート

問題を迅速に解決するため、弊社にお問い合わせいただく際は、以下の関連情報をご用意ください。

このテクニカルレポートをお使いになる前に、CSTのクロマチン免疫沈降 (ChIP) トラブルシューティングガイドを参照されましたか?

一般的なご質問

  1. 製品のカタログ番号 (ChIPキットおよび/または抗体)
  2. 製品バイアルに印刷されているロット番号とリファレンスデイト

クロマチンの調製

  1. 細胞種と (薬剤などの) 処理条件、接着細胞 or 浮遊細胞
  2. クロマチン調製に用いた合計細胞数と細胞数のカウント方法
  3. 固定時間とホルムアルデヒド濃度
  4. ヌクレアーゼ消化条件 (時間、温度、加えたヌクレアーゼ量、消化物の総容量)
  5. 1X ChIP Buffer中でペレットを溶解した後の、氷上での静置時間
  6. ソニケーション処理条件 (パルス数、各パルスで超音波処理した時間、およびパルス間の氷上の静置時間)
  7. ソニケーターのモデル (プローブサイズとソニケーション処理設定を含む)
  8. 精製されたクロマチンDNAサンプルの濃度 (プロトコールのセクションBを参照してください)

クロマチン免疫沈降 (ChIP)

  1. IPに用いた抗体と、IPごとに用いた抗体量 (μg or μL)、抗体の由来、および抗体がIPまたはChIPに対して検証済みであるか否か
  2. 各IPに加えたクロマチン量 (μg)
  3. 抗体とクロマチンのインキュベーション時間
  4. 使用したProtein Gビーズのタイプ (磁気 or アガロース)
  5. ビーズとのインキュベーション時間
  6. 溶出条件 (時間、温度)
  7. 脱クロスリンクの条件 (時間、温度)

IP産物の検出および定量

  1. 定量の方法 (半定量PCR、定量的PCR、ChIP-on-chip、ChIPシーケンシング)
  2. PCRサイクルの回数と、解析した標的DNAの遺伝子座
  3. PCR分析で、用いたプライマーのセットに対して、2%インプットDNAの段階希釈サンプルを使用したか (セクションG、ステップ1)?
  4. 段階希釈したインプットDNAを用いたPCRで、このプライマーのセットを用いた際に、線形性を示したか?
  5. 使用したプライマーセットで計算したPCR効率 (定量的PCRのユーザーのみ)
  6. コントロールのHistone H3 Antibody (#4620) を用いた際に、コントロールのRPL30プロモーターは濃縮されたか? この時濃縮された量のインプットクロマチン総量 (IP反応に加えた量) に対する割合 (%)
  7. Normal Rabbit IgG (#2729) を用いて濃縮されたRPL30プロモーターの濃縮量のインプットクロマチン総量に対する割合 (%)
  8. コントロールのHistone H3 Antibody (#4620) を用いた際に、ターゲットの遺伝子座が濃縮されたか? 濃縮された量のインプットクロマチン総量に対する割合 (%)
  9. Normal Rabbit IgG (#2729) を用いて濃縮された (お客様が解析されている) 標的遺伝子座の濃縮量のインプットクロマチン総量に対する割合 (%)
  10. 用いた抗体は標的遺伝子座を濃縮したか?この時、濃縮された量のインプットクロマチン総量に対する割合 (%)
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