Revision 2
Cell Signaling Technology

Orders: 877-616-CELL (2355) [email protected]

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Web: [email protected] cellsignal.com

3 Trask LaneDanversMassachusetts01923USA
For Research Use Only. Not for Use in Diagnostic Procedures.
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Product Information

Product Usage Information

Use with Cell Signaling Technology’s PTMScan® kit protocol from the Immunoaffinity Purification (IAP) step.  Because the optimal amount of PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine for each user’s experiments will depend on unique factors such as mass spectrometer sensitivity, users may dilute these control peptides as needed.

1. Aliquot PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine for storage as single-use units at -20°C or proceed to immediate usage.  
2. Resuspend sample peptides in the appropriate buffer and volume, e.g., 1.4 mL of PTMScan® IAP Buffer (1X).
3. Clear sample peptides by centrifugation.
4. Transfer clarified sample peptides to tubes containing IAP beads.
5. Add 10 µL of PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine to IAP beads and sample peptides and mix well. 
6. Continue with PTMScan® or PTMScan® HS workflows at the 2-hour incubation step.
7. Detect PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine in the LCMS data file.

Storage

This product is stable for 12 months when stored at -20°C. Aliquot to avoid multiple freeze/thaw cycles.

Product Description

The PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine enable quality control of immunoaffinity enrichment performance using PTMScan® or PTMScan® HS workflows.  These synthetic peptides contain a specific post-translational modification (PTM) that can be enriched by the associated PTMScan® or PTMScan® HS immunoaffinity purification (IAP) beads, as well as a stable heavy isotope that can be distinguished from endogenous peptides by the mass spectrometer.  

Background

Acetylation of lysine, like phosphorylation of serine, threonine or tyrosine, is an important reversible modification controlling protein activity. The conserved amino-terminal domains of the four core histones (H2A, H2B, H3, and H4) contain lysines that are acetylated by histone acetyltransferases (HATs) and deacetylated by histone deacetylases (HDACs) (1). Signaling resulting in acetylation/deacetylation of histones, transcription factors, and other proteins affects a diverse array of cellular processes including chromatin structure and gene activity, cell growth, differentiation, and apoptosis (2-6). Recent proteomic surveys suggest that acetylation of lysine residues may be a widespread and important form of post-translational protein modification that affects thousands of proteins involved in control of cell cycle and metabolism, longevity, actin polymerization, and nuclear transport (7,8). The regulation of protein acetylation status is impaired in cancer and polyglutamine diseases (9), and HDACs have become promising targets for anti-cancer drugs currently in development (10).

  1. Hassig, C.A. and Schreiber, S.L. (1997) Curr Opin Chem Biol 1, 300-8.
  2. Allfrey, V.G. et al. (1964) Proc Natl Acad Sci U S A 51, 786-94.
  3. Liu, L. et al. (1999) Mol Cell Biol 19, 1202-9.
  4. Boyes, J. et al. (1998) Nature 396, 594-8.
  5. Polevoda, B. and Sherman, F. (2002) Genome Biol 3, reviews 0006.
  6. Yoshida, M. et al. (2003) Prog Cell Cycle Res 5, 269-78.
  7. Kim, S.C. et al. (2006) Mol Cell 23, 607-18.
  8. Choudhary, C. et al. (2009) Science 325, 834-40.
  9. Hughes, R.E. (2002) Curr Biol 12, R141-3.
  10. Vigushin, D.M. and Coombes, R.C. (2004) Curr Cancer Drug Targets 4, 205-18.

Species Reactivity

Species reactivity is determined by testing in at least one approved application (e.g., western blot).

Cross-Reactivity Key

H: human M: mouse R: rat Hm: hamster Mk: monkey Vir: virus Mi: mink C: chicken Dm: D. melanogaster X: Xenopus Z: zebrafish B: bovine Dg: dog Pg: pig Sc: S. cerevisiae Ce: C. elegans Hr: horse GP: Guinea Pig Rab: rabbit All: all species expected

Trademarks and Patents

Cell Signaling Technology is a trademark of Cell Signaling Technology, Inc.
PTMScan is a registered trademark of Cell Signaling Technology, Inc.
All other trademarks are the property of their respective owners. Visit cellsignal.com/trademarks for more information.

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Revision 2
#23068

PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine

PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine: Image 1 Expand Image
Annotated tandem mass spectrum (MS2) of the PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine component: LNLYELK(ac)EG[R].
PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine: Image 2 Expand Image
Annotated tandem mass spectrum (MS2) of the PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine component: TVDGPSGK(ac)LW[R].
PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine: Image 3 Expand Image
Annotated tandem mass spectrum (MS2) of the PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine component: AGAVEK(ac)GVPLY[R].
PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine: Image 4 Expand Image
Peptides included in the PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine mix. All peptides are stable-isotope labeled, designated by bracketed R, and contain an acetyl group designated by parentheses.
PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine: Image 5 Expand Image
Extracted ion chromatograms of PTMScan® Control Peptides Acetyl-Lysine added at supplied concentration (1X at 200 fmol) to mouse liver peptides prior to immunoaffinity enrichment using PTMScan® Acetyl-Lysine Motif [Ac-K] Kit #13416.  Desalted peptides were analyzed on Q Exactive mass spectrometer and resolved using a 90 min reversed phase gradient from 7.5% to 32% acetonitrile on a C18 column.  The peak corresponding to the specific Control Peptide is marked with retention time and observed precursor mass, with peak height reported as the normalized level (NL) for each row per panel.