リン酸化、アセチル化、ユビキチン化といった翻訳後修飾により、細胞内のシグナル伝達経路やシグナルネットワークの微調整が可能になります。質量分析ベースのプロテオミクス技術は、これらのネットワーク研究のパワフルなツールです。動的なタンパク質のリン酸化は重要な細胞調節機構で、抗体ベースのリン酸化ペプチド濃縮を含む大規模なプロテオミクスアプローチで、網羅的なリン酸化プロファイリングによって有益な情報が得られることが明らかになっています。アセチル化も同様のアプローチで研究されています。特に、ヒストン脱アセチル化阻害剤が臨床的な重要性を増してきていることから、その活性機構のより詳細な特性解析が必要とされており、リジンアセチル化プロテオミクスの研究を加速させています。さらに、シグナル伝達とタンパク質分解の両方に関わる重要な機構として、ユビキチン化に関心が高まっています。最近では、ユビキチンレムナント抗体のような新しいユビキチン親和性試薬が登場し、ヒト細胞における何百ものユビキチン化リジン残基の同定が可能になりました。