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プロテオミクス

プロテオミクス

質量分析技術は、サンプルに含まれるペプチドの、翻訳後修飾 (PTM) 解析に利用することができます。ただし、PTMペプチドの存在量が非常に少なく、質量分析による解析が困難な場合がしばしばあります。

Cell Signaling Technology (CST™) は、PTM含有ペプチドを抗体で濃縮して液体クロマトグラフィー質量分析 (LC-MS/MS) で解析する、独自のプロテオミクス法、PTMScan®技術を開発し、この問題に対処しています。PTMScan技術は、微量サンプルから何百、何千ものペプチドを同定・定量することができ、他のペプチド濃縮法 (IMACなど) に比べ、より集中的なアプローチが可能です。

PTMScan技術は以下に使用することができます：

  • タンパク質の新規のリン酸化、ユビキチン化、アシル化、メチル化、プロテアーゼ切断部位の同定
  • 薬物標的の同定と検証
  • バイオマーカーの探索
  • 薬物や化学調節物質の作用機序の研究
  • 薬物のオフターゲット効果の解明
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PTMScanに使用される抗体

PTM含有ペプチドの濃縮に用いられる抗体が、PTMScan成功の鍵となります。PTMScanに用いる抗体には、次のような特徴があります：

  • CST社内で開発・製造されている
  • 特異性、感度、一貫性について、徹底的に検証されている
  • イムノアフィニティー濃縮用に最適化されている

以下の表は、PTMScan®技術で用いられる3種類の抗体の概要です。

抗体の種類 抗体のターゲット 具体例  
標準的な部位特異的PTM抗体 修飾を受けたアミノ酸と、その周辺のアミノ酸配列 Phospho-Akt1 (Ser473) のCST™抗体は、リン酸化された473番目のセリン残基とその周辺のアミノ酸のみを認識します。 標準的な部位特異的PTM抗体シーケンス
モチーフ抗体 特定のモチーフに修飾を受けたアミノ酸 Akt基質モチーフ抗体は、モチーフ内のセリン残基がリン酸化された場合のみ、あらゆるタンパク質のRXRXXS*配列を認識します (Xは任意のアミノ酸)。 モチーフ抗体のシーケンス
PTM特異的抗体 (PTM抗体) 解析対象のPTMを持つあらゆるペプチド アセチル化リジン抗体は、隣接しているアミノ酸部位に関係なく、すべてのアセチル化部位を認識します。 PTM特異的抗体 (PTM抗体) シーケンス

お客様の研究に役立つのはどちらですか？

  PTMScan® Discovery
(PTM/モチーフベースの濃縮)		 PTMScan® Direct
(質量分析ベースの抗体アレイ)
  PTMScan Discovery PTMScan® Direct
解析したいパスウェイが決まっているか？ ✗ ✔
抗体濃縮を行うか？ ✔ ✔
LC-MS/MS解析を実施するか？ ✔ ✔
どのような抗体を用いるか？ PTM抗体またはモチーフ抗体 (標的タンパク質は限定されない) 目的のパスウェイに含まれる標的タンパク質の部位特異的抗体
免疫沈降用ビーズに固定化されているのはどのような抗体か？ 1種類のPTMもしくはモチーフを認識する抗体 複数の標的タンパク質に対する抗体 (ビーズベースのマルチプレックスアッセイ)
使用可能な生物種は？ ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、シロイヌナズナなど、様々な生物種由来のサンプルで使用可能 ヒトおよびマウスについては検証済み (その他の生物種への交差性については弊社にご確認ください)
研究事例 「新規の抗アセチル‐リジン抗体および最適化されたプロテオーム解析のワークフローを用いた、大規模な、定量的アセチローム」
Svinkina, T., et al (2015) Mol. Cell. Proteomics. 14(9):2429–40.		 「PTMScan Direct：イムノアフィニティによる濃縮とLC-MS/MSを組み合わせた、重要なシグナル伝達タンパク質の同定と定量」
Stokes, M., et al (2012) Mol Cell Proteomics. 11(5):187–201
要約 新規のPTMの同定や定量的解析に、PTMScan Discoveryをご利用ください 既知のパスウェイの構成タンパク質の活性を、細胞株間や薬物処理間で比較定量する場合は、PTMScan Directをご利用ください

リソース

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