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SH3タンパク質ドメイン

プロリンリッチ配列の結合:SH3ドメイン

mSOS () に結合したSEM-5のC末端SH3ドメイン

ドメイン結合および機能

SH3 (Src-homology 3​) ドメインは、左巻きのポリ-プロリンII型ヘリックスを形成するプロリンに富むペプチド (最小のコンセンサス配列は Pro-X-X-Pro) に結合します。通常、脂肪族の残基がそれぞれのプロリンの前にあり、それぞれの脂肪族-プロリンの組合せがSH3ドメインの疎水性のポケットに結合します。原則として、このリガンドはどちらの方向にも結合することができます。その他のプロリン以外の残基 (多くの場合、アルギニン) がSH3ドメインと接触し、結合コアの一部分を形成することができます。このようなペプチドは、通常、µMレンジのKd​でSH3ドメインに結合します。この結合の親和性および特異性は、SH3ドメイン上のループを含む三次的な相互作用によって著しく上昇します。

構造の参考文献

  1. Lim, W.A. et al. (1994) Nature 372(6504), 375–379.

ドメインタンパク質の例

プロリンリッチ配列の結合:SH3ドメイン

結合の例

SH3ドメインタンパク質 結合パートナー SH3ドメイン結合部位
Srcチロシンキナーゼ Pl3キナーゼのp85サブユニット RPLPVAPのl型N末端のC末端への結合部位
Crkアダプタータンパク質 C3Gグアニジンヌクレオチド交換因子 PPPALPPKKR II型 C末端のN末端への結合部位
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