ChIPにおける酵素法とソニケーション法の選択

クロマチン免疫沈降 (ChIP) は、クロマチン上のタンパク質とDNAの相互作用を特定し解析する手法です。ChIP実験では、Inputサンプルのクロマチンを断片化し、ChIP-qPCRやChIP-seqなどので解析します。

クロマチン断片化はChIPプロトコールの重要なプロセスで、ChIP実験の結果を大きく左右します。クロマチンの断片化にはソニケーション法と酵素消化法があります。それでは、どちらの手法がご自身の実験に適しているでしょうか？これには多くの要素が絡み合い、判断が難しいことが少なくありません。ですから、整理して考えましょう。CSTがお手伝いします。

このビデオでは、4つの質問で皆様の実験目的に適切なプロトコールと、CSTのChIPキットを見付けるお手伝いをします。質問1：解析するサンプルは何ですか？細胞ですか？組織ですか？質問2：免疫沈降の標的はどんなタンパク質ですか？DNAとの結合の強さはヒストン、転写因子、コファクターでそれぞれに異なり、これがChIP効率に影響します

質問3：サンプル中に含まれる標的タンパク質の量は多いですか？少ないですか？質問4：どちらの断片化手法がお好みですか？多くの場合はソニケーション法、酵素消化法のどちらも利用できます。一方断片化手法が、他方より好ましい状況もあるのでその例も紹介します