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ChIP-seq抗体の性能比較

正しい標的タンパク質を認識し、他のDNA結合タンパク質との非特異的結合のない抗体を選択することが、ChIP-seq実験を成功させるために極めて重要です。CSTは現在、ChIP-seqにおいてリコンビナントラビットモノクローナル抗体を試験、検証しています。その理由は、ChIP-seqで良好な結果を得るためには、多数の遺伝子座に渡って標的タンパク質をより広範に捕らえる必要があり、ChIP-qPCRでのパフォーマンスが必ずしもChIP-seqでのパフォーマンスに反映されないからです。CSTのChIP-seq用抗体は、SimpleChIP Enzymatic Chromatin IPプロトコールと、それに続く次世代シーケンシング (NGS) を用いて試験されています。

CSTのChIP-seq抗体製品を使用する利点:

  • CSTのすべてのChIP-seq用抗体は、リコンビナントラビットモノクローナル抗体であり、これはロット間の再現性に優れています。
  • 抗体は、SimpleChIP Enzymatic Chromatin IPプロトコールを使用して検証および最適化されており、これにより時間とコストが削減されます。
  • 抗体は、複数のアプリケーションで標的特異性を試験、検証されており、ChIP-seqにおいては低い非特異的結合と高いS/N比が提供されています。
  • 抗体はその他のChIP-seqプロトコールでも使用が可能で、CSTやその他メーカーのChIPキット、またはカスタマイズされたラボプロトコールでも使用することができます。
  • ChIP-seq抗体を開発および検証した科学者による、専門的なテクニカルサポートを受けることができます。

CSTは、多くのChIP-seq抗体を他社メーカーのChIP-seq用抗体と比較しています。以下のCST抗体のいずれかをクリックすると、他社抗体に対するパフォーマンスをご覧いただけます。

  • NEBNextはNew England Biolabs, Inc.の登録商標です。
  • UltraはNew England Biolabs, Inc.の商標です。
  • IlluminaはIllumina, Incの登録商標です。
  • BRD4 (E2A7X) Rabbit mAb #13440と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のMV-4-11細胞から調製したクロスリンククロマチンと、BRD4 (E2A7X) Rabbit mAb #13440 7 μgまたは他社メーカーのポリクローナル抗体 7 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 5 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。全ゲノム解析 (図 A) と局在化された遺伝子解析 (図 B) の両方で、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、他社ポリクローナル抗体と比較してより高いシグナルと低いバックグラウンドを示します。

    CTCF (D31H2) XP® Rabbit mAb #3418と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、CTCF (D31H2) XP® Rabbit mAb #3418 1 μgまたは他社メーカーのポリクローナル抗体 1 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 5 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。全ゲノム解析 (図 A) と局在化された遺伝子解析 (図 B) の両方で、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、他社ポリクローナル抗体と比較してより高いシグナルと低いバックグラウンドを示します。

    Ezh2 (D2C9) XP® Rabbit mAb #5246と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、Ezh2 (D2C9) XP® Rabbit mAb #5246 2 μgまたは他社のポリクローナル抗体 2 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP®Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005 を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 5 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。局在化遺伝子解析で示された通り、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、他社ポリクローナル抗体と同等レベルのシグナルとバックグラウンドを示します。

    Mono-Methyl-Histone H3 (Lys4) (D1A9) XP® Rabbit mAb #5326と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、ENCODE承認のMono-Methyl-Histone H3 (Lys4) (D1A9) XP®Rabbit mAb #53263 μgまたはENCODE承認の他社のポリクローナル抗体 3 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 50 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。局在化遺伝子解析で示された通り、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、ENCODE承認の他社ポリクローナル抗体よりも高いシグナルと低いバックグラウンドを示します。

    Phospho-Rpb1 CTD (Ser2) (E1Z3G) Rabbit mAb (#13499) と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、Phospho-Rpb1 CTD (Ser2) (E1Z3G) Rabbit mAb #13499 0.56 μg、ENCODE承認の他社クローン3E10 0.56 μg、または他社のポリクローナル抗体 0.56 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005 を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 5 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、全ゲノム解析においてENCODE承認済み他社クローン3E10、もしくは他社ポリクローナル抗体よりも高いシグナルノイズ比を示し (図 A)、その既知の標的遺伝子座ZNF740周辺にRpb1の結合を示しました (図 B)。

    Phospho-Rpb1 CTD (Ser5) (D9N5I) Rabbit mAb #13523と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、Phospho-Rpb1 CTD (Ser5) (D9N5I) Rabbit mAb #13523 0.35 μg、他社ポリクローナル抗体1 0.35 μg、または他社ポリクローナル抗体2 0.35 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005 を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 5 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。全ゲノム解析 (図 A) および局在化遺伝子解析 (図 B) の両方において、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、他社のポリクローナル抗体1、または他社のポリクローナル抗体2のいずれかと比較して、より高いシグナルと低いバックグラウンドを示します。

    Rpb1 NTD (D8L4Y) Rabbit mAb #14958と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、Rpb1 NTD (D8L4Y) Rabbit mAb #14958 2 μgまたは他社のポリクローナル抗体 2 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 5 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。全ゲノム解析 (図 A) と局在化された遺伝子解析 (図 B) の両方で、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、他社ポリクローナル抗体と比較してより高いシグナルと低いバックグラウンドを示します。

    Tri-Methyl-Histone H3 (Lys9) (D4W1U) Rabbit mAb #13969と他社メーカーのポリクローナル抗体の比較。

    4​x106​個のHeLa細胞から調製したクロスリンククロマチンと、Tri-Methyl-Histone H3 (Lys9) (D4W1U) Rabbit mAb #13969 1.65 μg、ENCODE承認の他社メーカーのポリクローナル抗体1を2 μg、またはENCODE承認の他社メーカーのポリクローナル抗体2を2 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005 を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 50 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。局在化遺伝子解析で示された通り、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、他社ポリクローナル抗体1または2と同等レベルのシグナルとバックグラウンドを示します。

    Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733と他社メーカーのポリクローナル抗体を並べた比較。

    4​x106​個のNCCIT細胞から調製したクロスリンククロマチンと、Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733 0.59 μg、またはENCODE承認の他社メーカーのポリクローナル抗体 2 μgのいずれかを使用して、SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9005を用いてChIPを実施しました。NEBNext® Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina®を用いて、濃縮ChIP DNA 50 ngからDNAライブラリーを調製し、Illumina NextSeqでシーケンスしました。局在化遺伝子解析で示された通り、CSTのリコンビナントラビットモノクローナル抗体は、ENCODE承認の他社ポリクローナル抗体よりも高いシグナルと低いバックグラウンドを示します。

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