カスパーゼ切断基質のプロテオミクス

アポトーシスの外因性および内因性経路には、カスパーゼカスケードが関与します。ヒトプロテオームには、数千にも及ぶ既知のまたは推定上のカスパーゼ切断部位が含まれています。多くの場合、カスパーゼはアスパラギン酸残基のC末端側を切断し、C末端にアスパラギン酸残基をもつフラグメントが産生されます。いくらか多様性がありますが、一般的にカスパーゼはDEXDモチーフを認識して切断します。

PTMScan^®技術によるカスパーゼ切断基質のプロテオミクスでは、DEXDモチーフに対するCST独自の抗体を用いて、トリプシン消化したサンプルからカスパーゼで切断された基質を濃縮し、LC-MS/MSで解析します。

カスパーゼ切断基質プロテオミクス: Staurosporine #9953 処理 (1 μM、3時間) でアポトーシスを誘導したHeLa細胞からペプチドサンプルを調製し、PTMScan®LC-MS/MSで解析しました。上記モチーフロゴは、C末端にアスパラギン酸を持つ1044種類の非冗長トリプシン消化ペプチドの解析結果から作成しました。ペプチドの濃縮には PTMScan^®Cleaved Caspase Substrate Motif [DE(T/S/A)D] Kit #12810を使用しました。モチーフロゴは、C末端にアスパラギン酸をペプチドの、アミノ酸の相対的な出現頻度を表しています。

Cleaved Caspase Substrate Motif [DE(T/S/A)D] MultiMab® Rabbit mAb mix #8698：Staurosporine #9953 処理 (1 μM、3時間) したNIH/3T3細胞、HeLa細胞と、未処理細胞の解析。Cleaved Caspase Substrate Motif [DE(T/S/A)D] MultiMab® Rabbit mAb mix (上)と、 GAPDH (D16H11) XP® Rabbit mAb #5174  (下、ローディングコントロール) を用いたウェスタンブロット