細胞株でのTMT10plexプロテオミクス解析

世界中の研究室で一般に使われている14種類のヒトの細胞株を、TMT10plexで解析しました。14種類の細胞株 (番号をつけて下図に表示) のすべてのペプチドの混合物を、様々な10プレックス実験にわたる定量結果の標準化に使用しました。コントロールの混合物と比較した各細胞株における相対的なタンパク質量を算出し、コントロールよりも存在量の多いもの (緑) と少ないもの (赤) に色分けしました。

TMT10plexで測定した、14種類のヒト細胞株 (番号付与済み) のタンパク質の相対的な存在量を色分けしたヒートマップを示しています。8000種類以上ものタンパク質を定量し (上)、色分けされた各データポイントのサブセットは、コントロール混合物に対する相対的な量の変化率 (%) を示しています (下)。

お客様は、階層的クラスタリングやその他のツールを用いて全体的なデータを確認できます。さらに、リスト化された個々のタンパク質のデータも確認できます。

タンパク質の存在量の測定を検証するため、TMT10plexのデータとウェスタンブロッティング (WB) の結果を比較したところ、これらの結果は一致していました。FoxA2とCD3εの発現量は細胞株ごとに異なっていましたが、 Erk1とErk2の存在量のばらつきは細胞株にそれほど依存していませんでした。

14種類のヒト細胞株 (番号付与済み) におけるFoxA2 (上)、CD3ε (中)、およびErk1/2 (下) を、TMT10plexでプロファイリングしたタンパク質の相対的な存在量 (棒グラフ) と、ウェスタンブロッティングの結果を示しています。

これらのデータから、TMT10plexトータルプロテオミクス法は、マルチプレックス化したサンプルからタンパク質の相対的な存在量についての詳細かつ定量的な情報を提供できることが分かります。

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