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TMT10plex™プロテオミクス解析を細胞株で

世界中のラボで一般に使われている14のヒト細胞株をTMT10plex™によって解析しました。14の細胞株すべて (下に番号付けしました) からのペプチド混合物を使い、複数の10plex実験での定量を標準化しました。コントロール混合物と比較した各細胞株におけるタンパク質の相対的な存在量を計算し、コントロールより存在量の多いもの (緑) と少ないもの (赤) に色分けしました。

スライド1:ヒートマップ

TMT10plex™で測定した、14のヒト細胞株 (番号付けした) のタンパク質の相対的な存在量を色分けしたヒートマップ。8000以上ものタンパク質を定量化し (上)、データポイントのサブセットを色分けとコントロール混合物に対する相対的な存在量の%変化 (下) で示しました。

全体的なデータは階層的クラスタリングその他のツールによって表示し、個々のタンパク質のデータは表で確認することが可能です。

タンパク質の存在量の測定を検証するため、TMT10plex™のデータをウェスタンブロッティング (WB) と比較しました。TMT™による定量はウェスタンブロッティングと一致しました。FoxA2とCD3εの発現量は細胞株ごとに異なっていましたが、 Erk1とErk2の存在量のばらつきは細胞株にそれほど依存していませんでした。

TMTウェスタンブロット

14のヒト細胞株 (番号付けした) について、FoxA2 (上)、CD3ε (中)、およびErk1/2 (下) の、TMT10plex™プロファイリングによるタンパク質の相対的な存在量 (棒グラフ) と、そのウェスタンブロッティング。

このデータは、TMT10plex™総プロテオミクス法は、マルチプレックスなサンプルからタンパク質の相対的な存在量について詳細で定量的な情報を提供できることを示しています。

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