ChIP-seq検証済み抗体

ChIP-seq実験を成功させるには、ゲノム全域で、前後のシーケンスによらず標的タンパク質を正しく認識する抗体が必要です。ChIP-qPCRで良好な結果を得られた抗体を用いても、ChIP-seqでは鮮明な結果が得られないこともあります。なぜなら、ChIP-seqでは多数の遺伝子座に渡って標的タンパク質を確実に捕捉する必要があるためです。CSTでは、ChIP-seqで検証済みの抗体を提供するために、リコンビナントラビットモノクローナル抗体とSimpleChIP® EnzymaticプロトコールあるいはSimpleChIP® Sonicationプロトコールを用いて、次世代シーケンシング (NGS) で検証しています。

ChIP-seq抗体検証ステップ

• すべてのChIP-seq用検証済み抗体は、初めにChIP-qPCR検証プロトコールに従って試験されます。
• その後、ChIP-seqにおける抗体の感度は、Inputに対するChIPサンプルの比から、ゲノム全域におけるターゲットエンリッチメントのS/N比を分析することで確認します。ChIP-seq用抗体で得られたデータからは、Inputクロマチンと比較して、許容可能な最少数の明確な濃縮ピークと、最低限のバックグラウンドが得られなければなりません。
• シーケンス特異的なDNA結合転写因子の場合、抗体の特異性は、濃縮されたクロマチン断片のモチーフ解析を行うことで決定されます。
• 抗体の特異性はさらに、標的タンパク質の異なるエピトープに対する複数の抗体を用いて、ゲノム全域におけるターゲットエンリッチメントを比較することで決定されます。
• 抗体の特異性は、ひとつのタンパク質複合体の異なるサブユニットの抗体を用いて確認されます。
• 抗体の特異性は、ゲノム全域におけるターゲットエンリッチメントを公表されているChIP-seqデータ (ENCODEなど) と比較することでも確認されます。